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密研と言われる、機密等を調査する研究部に入っている西乃は中三の夏手前に研究部の部長である、山勢に「久々にいいネタを掴んだ。これは密研全員で調べる必要がある」と言われる。中三になってから、めっきり活動がなくなったのに、いきなりどうしたんだろうか？　気になった西乃は放課後に活動場所に行ってみた。そして山勢の掴んだネタの説明を訊く事に。だが、山勢の掴んだネタは想像を遥かに超える、秘密結社の計画であった。
秘密結社の進行する計画、プロジェクト・オブ・バベルとは一体何なのか。秘密結社の上層部の人間、サンジェルマン伯爵によって意図的に計画に巻き込まれた密研の部員達。何故巻き込まれるよう意図されたのか。そして、彼らの最終目的とは？